如果村长不是党员，在处理其违纪行为时，可以依据以下法律法规和规定：
第十条规定，村民委员会及其成员应当遵守宪法、法律、法规和国家的政策，遵守并组织实施村民自治章程、村规民约，执行村民会议、村民代表会议的决定、决议，办事公道，廉洁奉公，热心为村民服务，接受村民监督。
村民委员会或者村民委员会成员作出的决定侵害村民合法权益的，受侵害的村民可以申请人民法院予以撤销，责任人依法承担法律责任。村民委员会不依照法律、法规的规定履行法定义务的，由乡、民族乡、镇的人民政府责令改正。乡、民族乡、镇的人民政府干预依法属于村民自治范围事项的，由上一级人民政府责令改正。
该规定对农村基层干部的廉洁履行职责提出了具体要求，违反规定的行为将受到相应的处理。
对于非党员村干部和非在编人员，虽然不能给予政务处分，但可以采取组织处理、监察建议等措施。例如，对于情节较轻的职务违法行为，可以进行谈话提醒、批评教育、责令检查或诫勉等；对于涉嫌职务犯罪的，应立案调查并移送司法机关追究刑事责任；对于情节较重的职务违法行为，可依据相关规定作出调岗、停职、责令辞职、罢免或解除劳动合同等处理。
村民委员会可以根据村民自治章程和村规民约对违纪的村长进行处理，具体措施可以包括警告、记过、记大过等。
综上所述，对于不是党员的村长，在处理其违纪行为时，可以依据《村民委员会组织法》、《中华人民共和国村民委员会组织法》、《农村基层干部廉洁履行职责若干规定（试行）》、《监察法》以及村民自治章程和村规民约等相关规定进行。具体处理方式可以根据违纪行为的性质和情节轻重，采取相应的组织处理、行政处罚或司法追究等措施。
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